Le gouvernement, par la voix de son porte-parole, Christos Protopapas, a vigoureusement condamné les attentats samedi contre deux synagogues à Istanbul, jugeant ces actions terroristes "barbares et abominables", et exprimant ses vives condoléances aux familles des victimes, ainsi qu'au peuple turc et a sa direction politique. Le Premier ministre, Costas Simitis, et le chef du principal parti de l'opposition - Nea Dimokratia (ND) - Costas Karamanlis, ont par ailleurs adressé dès samedi des messages de condoléances au Premier ministre turc, Recep Tayyip Erdogan.
Il s'agit d'"actes de violence aveugle ayant pour résultat la mort d'innocents", a pour sa part estimé le ministre des Affaires étrangères, Georges Papandréou. "Face à ces forces de haine, de violence, de terrorisme, de racisme, de xénophobie et d'antisémitisme, notre lutte doit être constante", a-t-il déclaré, ajoutant que "cette lutte pour la protection des droits de l'homme et les principes de notre civilisation nous concerne tous, indépendamment des prises de positions religieuses et politiques".
Le patriarche œcuménique Bartholomée Ier a également adressé un télégramme au grand rabbin d'Istanbul, Isaak Haleva, aussitôt après avoir été informé du double attentat pour condamner "ces actes abominables" contre des "hommes en prière". Le patriarche a souhaité bonne santé au grand rabbin hospitalisé pour une crise nerveuse, et à son fils qui se trouve parmi les blessés.
Les partis de Synaspismos et le DHKKI ont à leur tour condamné ces attentats.