Le 16 IX 1669, Venise et l'Empire ottoman signent le traité de Candie (Hiráklion). Venise garde Spinalónga (perdue en 1692), Grávoussa et le fort de Soúda (perdus en 1745). La Crète va restera sous joug turc « 243 ans, 7 mois, 7 jours d’agonie », lit-on sur une stèle à La Canée.
Le prétexte de la conquête de la Crète fut l'attaque par des galères de l’Ordre de Malte, d'un vaisseau turc, en 1644. On dit que le vaisseau turc portait un fils du sultan. Le kislar-aga (chef des eunuques noirs), et des officiers du sérail, étaient à bord. L’eunuque tué, les officiers assurèrent que l’enfant était un des fils du sultan Ibrahim, et que sa mère l’envoyait en Égypte. À Malte il fut traité comme enfant royal, en attendant la rançon. Elle n'arriva pas (ou il n'était pas son fils, ou le sultan ne voulait traiter avec l'Ordre de Malte). Cet otage serait devenu moine dominicain, le « père Ottoman », rapporte Voltaire.
Le sultan, qui ne pouvait conquérir Malte s'attaqua aux Vénitiens de Crète, qui avait abrité dans un port la prise maltaise. Il envoya les janissaires (qui le firent déposer en 1648, il aurait été étranglé par quatre muets l'année suivante prétend une légende peu crédible).
L'année d’après, en 1645, les Turcs pillèrent et brûlèrent le monastère de Gonía à Kíssamos. Puis, par un siège meurtrier de 57 jours, ils prirent La Canée. En 1646, Réthymnon fut pris : la Crète occidentale était entre les mains des Turcs. On rapporte que par haine des Vénitiens, des montagnards crétois chrétiens se joignirent aux Turcs.
Le siège de Candie (Mégálo Kástro) dura de 1648 à 1669. Les défenseurs étaient Francesco Morosini et du Puy-Montbrun Saint-André, officier français, à qui le sénat donna le commandement des troupes de terre. Des volontaires venus de France participaient la défense du port (duc de la Feuillade, duc de Navailles, duc de Beaufort - petit-fils d'Henri IV et de Gabrielle d'Estrées – p. ex). La France étant l'alliée traditionnelle des Turcs, ils se battaient sous la bannière papale.
Voltaire dit : « Cette ville ne devait jamais être prise, pour peu que les princes chrétiens eussent imité Louis XIV, qui, en 1669, envoya six à sept mille hommes au secours de la ville, sous le commandement du duc de Beaufort et du duc de Navailles. Le port de Candie fut toujours libre, il ne fallait qu’y transporter assez de soldats pour résister aux janissaires La république ne fut pas assez puissante pour lever des troupes suffisantes. Le duc de Beaufort, le même qui avait joué du temps de la Fronde un personnage plus étrange qu’illustre, alla attaquer et renverser les Turcs dans leurs tranchées, suivi de la noblesse de France: mais un magasin de poudre et de grenades ayant sauté dans ces tranchées, tout le fruit de cette action fut perdu. Les Français croyant marcher sur un terrain miné, se retirèrent on désordre poursuivis par les Turcs, et le duc de Beaufort fut tué dans cette action avec beaucoup d’officiers français. »
En 1666, le sultan Mehmet IV envoya Fazil Ahmet pacha Köprülü qui répondit aux Vénitiens proposant 100 000 livres et un tribut annuel au sultan : « Nous sommes venus pour la conquête et non pour le commerce. » Le 16 IX 1669, Morosini capitula. Ce siège (un des plus longs de l'histoire) coûta la vie à environ 30 000 chrétiens et 110 000 Turcs et janissaires.
Toujours selon Voltaire : «Ce n’est pas sans raison qu’on a comparé cette guerre à celle de Troie. Le grand vizir avait un Grec auprès de lui qui mérita le surnom d’Ulysse; il s’appelait Payanotos, ou Payanoti. Le prince Cantemir prétend que ce Grec détermina le conseil de Candie à capituler, par un stratagème digne d’Ulysse. Quelques vaisseaux français, chargés de provisions pour Candie, étaient en route. Payanotos fit arborer le pavillon français à plusieurs vaisseaux turcs qui, ayant pris le large pendant la nuit, entrèrent le jour à la rade occupée par la flotte ottomane et furent reçus avec des cris d’allégresse. Payanotos, qui négocia avec le conseil de guerre de Candie, leur persuada que le roi de France abandonnait les intérêts de la république en faveur des Turcs dont il était allié; et cette feinte hâta la capitulation. Le capitaine général Morosini fut accusé en plein sénat d’avoir trahi Venise. Il fut défendu avec autant de véhémence qu’on en mit à l’accuser. C’est encore une ressemblance avec les anciennes républiques grecques, et surtout avec la romaine. Morosini se justifia depuis en faisant sur les Turcs la conquête du Péloponèse, qu’on nomme aujourd’hui Morée, conquête dont Venise a joui trop peu de temps. Ce grand homme mourut doge, et laissa après lui une réputation qui durera autant que Venise.»
La grande île est divisée en trois sandjacks. Le gouverneur civil qui l'administre, nommé par la Sublime Porte, est représenté par l'agha des janissaires. Les Turcs régneront dans les plaines, où peu à peu des conversions de gré ou de force à l'Islam se produiront (on ne prenait pour janissaires que des enfants chrétiens) et des rebelles se réfugieront dans les montagnes. Les timars (fiefs viagers) prendront le relais des casalia vénitiens. L'administration turque est complexe et vénale, les janissaires ont la main lourde, des pachas se sentent bien éloignés de Constantinople, les Crétois chrétiens sont de plus en plus exploités et opprimés. Des rebelles deviennent montagnards libres, s'abritent dans les monastères des hauteurs, vivent de pillages sur l'habitant, mais combattent l'occupant. Au cours du temps, ils finissent par incarner le désir d'indépendance nationale, qui s'épanouit au XIXe siècle, avant le XXe siècle quand la Crète redeviendra grecque.
En 1699, au traité de Karlowitz, entre l'Autriche, Venise et l'Empire ottoman, la possession de la Crète est reconnue aux Turcs.
Le crétois Marinos Tzanès Bounialis, a composé un long récit en vers sur cette Guerre de Crète.